​​Det meste av den medisinen som sjukehusapoteka lagar er spesialtilpassa til kvar pasient. Dette gjeld særleg medisin til barn og kreftpasientar. Produksjon blir gjort av spesialutdanna personell i reinrom og etter lokale prosedyrar som er utarbeidd i samsvar gjeldande regelverk for produksjon av legemiddel.

Sjukehusapoteka har produksjonsverksemd ved alle dei fire apoteka, med leveransar av cytostatikakurar, ernæringsblandingar, antibiotikapumpar, smerteblandingar med meir. Sjukehusapoteket i Bergen har i tillegg ei avdeling som produserer andre typar ikkje-sterile og sterile legemiddel både til eigne kundar, til andre apotek og til grossistar.